El cuerpo sin vida fue hallado por su madre Sara Garfinkel, en la noche del 18 de enero de 2015 en el baño del departamento de Puerto Madero donde vivía el fiscal, unas horas después de que se produjera su fallecimiento.

La muerte se produjo el día anterior a la presentación que tenía prevista ante el Congreso nacional para fundamentar su denuncia contra la ex presidenta Cristina Kirchner, contra su canciller Héctor Timerman y otros funcionarios del kirchnerismo por haber promovido una trama de supuesto encubrimiento a los acusados iraníes de perpetrar el atentando a la sede de la AMIA en 1994, mediante la firma de un tratado de Entendimiento con la República Islámica de Irán.